ارائه کننده: مریم اکثری
استاد راهنما: دکتر امیر البدوی
داور داخلی: دکتر توکتم خطیبی
داور خارج از دانشگاه: دکتر فاطمه زارع ميرك آباد
تاریخ: 1402/07/18
ساعت: 15:00
مکان: سايت دانشكده مهندسي صنايع و سيستم ها

چکیده: كمپلكس هاي پروتئيني در رابطه با كاركردهاي بيولوژيك حياتي هستند و در دسته ي ساختار مولكولي ضروري قرار مي گيرند. شناسايي كمپلكس هاي پروتئيني جهت درك عميق تر در حيطه ي مكانيسم هاي تنظيمي سلول و به تحقق رساندن در راستاي اهداف درماني، داراي مرتبه و شايستگي ويژه اي مي باشد. در دهه ي اخير نيز روش هاي آزمايشگاهي، اطلاعات زيستي فراواني را رقم زده اند اما از طرفي به دليل وجود داده هاي بي شمار، شناسايي كمپلكس هاي پروتئيني از طريق روش هاي آزمايشگاهي هزينه و زمان زيادي را مي طلبد به همين جهت براي شناسايي كمپلكس هاي پروتئيني نياز به گسترش روش هاي محاسباتي امري ضروري به حساب مي آيد. رويكردي جديد در رابطه با شناسايي كمپلكس هاي پروتئيني از طريق شبكه ي PPI و با كمك گرفتن از داده هاي از نوع بيولوژيك از قبيل داده هاي بيان ژن، گراف هستان شناسي ژن و TAP در اين پژوهش به كار گرفته شده است. از طرفي به دليل نحوه ي تشكيل داده هاي PPI و الگوريتم هاي يادگيري ماشين كه در جهت تشكيل آن به كار مي رود، سبب ايجاد نويز قابل ملاحظه اي مي گردد. براي رفع اين منظور در پژوهشي كه صورت گرفته است از داده هاي موجود هستان شناسي ژن و TAP براي كاستن مقادير مثبت كاذب كه در شبكه ي PPI وجود دارد نيز استفاده مي گردد. علاوه بر اين، در اين پژوهش به قالب ماهيت پوياي مولكول هاي زيستي و از طرفي الگوريتم ممتيك كه عمل خوشه بندي دوگانه ي داده هاي بيان ژن را برعهده مي گيرد، توجه نموده و اينگونه به تشكيل زيرشبكه هاي پويا با استفاده از شبكه ي PPI مي پردازد. با توجه به نتايجي كه در روش پيشنهادي حاصل گرديده است حاكي از آن مي باشد كه شايستگي اين را دارد كه كمپلكس هاي پروتئيني را به صورت دقيق تري نسبت به روش هايي كه موجود هستند شناسايي نمايد. لازم به بيان است كه روش پيشنهادي توانسته است در مجموعه داده هاي DIP و محك CYC2008، به باز خواني 88.3? در بهترين حالت ممكن دست يابد كه اين مقدار در حدود 30 توانسته است در قياس با روش BiCAMWI بهتر عمل نمايد. علاوه بر اين، روش پيشنهادي در مجموعه داده هاي BioGrid و محك CYC2008 توانسته است به حداكثر صحت 69.3 و بازخواني  87.5 دست يابد و در واقع مي توان گفت در حدود به ترتيب برابر با 25 و 20 فراتر از BiCAMWI كه در حال حاضر بهترين روش موجود مي باشد، عمل نمايد.